تتلخص اهداف النقابة في :

1.  المحافظة على مصالح المهنة وحمايتها والدفاع عنها وتنظيمها.

2. التعاون مع الوزارة وجميع الهيئات والمؤسسات ذات العلاقة لرفع مستوى الخدمات الصيدلانية والدوائية وتوفيرها للجمهور.

3. جمع كلمة الصيادلة والمحافظة على حقوقهم وكرامتهم.

4. المحافظة على آداب المهنة.

5. تشجيع البحوث العلمية عامة وفي حقل الدواء بشكل خاص .

6. تأمين الحياة الكريمة للصيادلة وعائلاتهم في حالة العوز والشيخوخة.